 NICHT MEHR AKTUELL
 Mother Brain ist eine Künstliche Intelligenz die ursprünglich von den Chozo erschaffen wurde, um die Verteidigungsanlagen und Forschungseinrichtungen von Zebes zu steuern. Es sorgte für Eindämmungen bei Unfällen und erhöhter Sicherheit bei kritischen Forschungen. 
Auf unbekannte Weise gelang es den Weltraumpiraten, das Mother Brain zu benutzen und die Anlagen gegen seine Erschaffer zu richten. Genaueres ist darüber allerdings unklar.
(wen dieser Text nun stutzig machen sollte, sollte sich einmal Seite 36 des zweiten Bands eines offiziellen Mangas der japanischen Metroid Seite anschauen. Englische Übersetzung)
Nachdem Mother Brain das erste mal vernichtet wurde, löste dies die Selbstzerstörung von Tourian und großen Teilen der Oberfläche von Zebes aus. Doch diese Explosion vernichtete Mother Brain nicht. Datenreste blieben in einigen Systemen erhalten und kurz nach dem ersten Fall von Zebes kehrten die Weltraumpiraten zurück und belebten Mother Brain wieder.
Als die Weltraumpiraten neue Anlagen auf Zebes errichtet hatten, haben sie auch Mother Brain wieder in die Verteidigung mit eingebaut. Dieses mal war es aber mit einem Körper ausgestattet. Es ist unklar ob die Piraten ihn erschaffen haben oder das Mother Brain sogar selber. Der Körper macht das Mother Brain immun gegenüber Samus Waffensysteme und besitzt sehr starke Waffensysteme.
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